Совет Zavr2008 помог, большое ему спасибо. Не уверен на каком этапе, во всяком случае после отключения STP на коммутаторах (3COM, HP) и маршрутизаторах (Mikrotik), проблема еще была, как минимум 1,5 часа. По времени совпало сразу после отключения STP не нескольких Mikrotik, используемых в качестве точек доступа wifi, которые находились не в телефонном влане и никакие SIP телефоны через них не шли (периодическое подключение смартфонов для сбрасывания фотографий).
Логическая цепочка в голове так и не строится. Ладно бы действительно телефоны отваливались от сети, но ведь в момент проблемы на сервере телефонии, доступность с других серверов не терялась и самое для меня непонятное- пакеты на интерфейсе снифером виделись (как писал в первом сообщении - при прослушивании дампа в Wireshark голос был без потерь, ошибок при анализе звонка нет). Интересно что вчера, пока еще была проблема, во время пинга UDP, при периодическом указании nping отсутствия ответов от телефона и статусе UNREACHABLE в Asterisk, в tcpdump эти ответы были видны. Проблема вроде как ушла, а понимания и чувства удовлетворенности нет