из меню FreePBX - можно сохранить только настройки, или ещё что угодно, вместе с mysql и нативной asterisk db.
В современных FreePBX basckup покажется сложным, сначала определить сервер - он может быть не только локальным. Потом выбрать готовый шаблон или создать свой.
Шаблоны готовые вполне должны устроить, кроме full есть и инкрементальный - только настройки.
Там много делается через drag-and-drop.